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JOAQUÍN DOPAZO: “LA GENÓMICA Y LA BIOINFORMÁTICA SERÁN UNA BOLA DE CRISTAL”

Joaquín Dopazo es el jefe del departamento de Genómica computacional del Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF) de Valencia. Es químico y doctor en Biología. Dirige el grupo de Bioinformática del Centro de Investigación Biomédica de Enfermedades Raras (CIBERER) en Valencia y es director asociado de Bioinformática para el Programa de Investigación en Genética y Medicina Genómica de la Junta de Andalucía. Ha trabajado en el CSIC, en el CNIO y en Glaxo Wellcome y cuenta con una dilatada experiencia investigadora y docente nacional e internacional. Hablamos con él en un despacho del departamento que dirige en el CIPF. Nada que ver con un laboratorio. Es una amplia sala, muy iluminada, con ordenadores de grandes dimensiones. Una sala en la que de vez en cuando se escuchan los teclados de las computadoras y el silencio de la observación y la paciencia, herramientas también necesarias para el análisis de datos.

 ¿Qué es la bioinformática?

Es una unión entre dos campos: hay bioinformáticos que vienen de la informática y a los que les interesa su aplicación a problemas biológicos y hay gente que viene del campo ‘bio’ y que están interesados en aquellos problemas biológicos de gran complejidad matemática, que tienen muchos datos y que necesitan una herramienta informática. Hay una tercera definición que viene del hecho de que cada vez hay más datos. La biología es una ciencia de datos y la medicina también y desde que se usan los secuenciadores se genera una cantidad de información que se puede explotar mucho más de lo que se pensaba. Si se hace la secuencia de una persona para ver si tiene un cierto tipo de cáncer, no sólo se ve ese tipo de cáncer, se obtiene todo el genoma y se puede usar ese genoma y otros para investigar. Hay tantos datos que se pueden plantear hipótesis y luego ir al laboratorio para comprobar si son correctas o no.

 ¿Con qué tipo de datos se genera toda esta información?

Hay mucha información que viene de grandes proyectos internacionales, como los ’1.000 Genomas’; en EEUU y en Gran Bretaña tienen un proyecto para secuenciar hasta 100.000 genomas y además se empieza a hacer uso hospitalario, a secuenciar individuos que no tienen un diagnóstico claro pero se sabe que tienen una enfermedad mutacional. Todo esto está produciendo tanta información que parece que en 2017 llegaremos al millón de genomas.

En bioinformática que hacernos la pregunta científica y fabricar el instrumento porque no existe. Estamos en primera línea pero el monte no está desbrozado y lo tenemos que desbrozar nosotros.

¿En qué consiste el trabajo de un bioinformático?

En este departamento trabajamos en dos planos: uno técnico que hace las herramientas para el otro, que es más científico. La parte científica es la que aprovecha los datos que existen para formular hipótesis. Yo estoy muy interesado en ver la enfermedad desde el prisma de lo sano; me explico: todos llevamos entre 300 y 500 mutaciones de pérdida de función de los genes, es decir, genes que por llevar esa mutación seguro que no funcionan y probablemente 100 de ellas están en homocigosis, es decir, que no tenemos copia para ese gen defectuoso y sin embargo, estamos sanos. Esto nos lleva a estudiar qué es lo que tienen de particular esas mutaciones sin hacer experimentos, sólo con los datos que hay y comparándolos con otros genomas sanos.

Es una cantidad de información que no cabe en un ordenador normal. Estos datos, cuando vienen de los secuenciadores tardan un día en copiarse. Perdemos mucho tiempo haciendo herramientas que no existen, para poder manejar los datos. Nuestros informáticos hacen como haría un técnico de laboratorio cuando tiene que inventar protocolos para hacer algo que no existe aún. Tenemos que hacernos la pregunta científica y fabricar el instrumento porque no existe. Estamos en primera línea pero el monte no está desbrozado y lo tenemos que desbrozar nosotros.

Secuenciadores en el Genome Institute de California. Photo credit: Berkeley Lab / Foter / CC BY-NC-ND
Secuenciadores en el Genome Institute de California. Photo credit: Berkeley Lab / Foter / CC BY-NC-ND

¿La medicina personalizada es el principal objetivo de la investigación bioinformática?

Yo creo que la medicina siempre ha sido personalizada. Lo que es cierto es que vamos hacia la medicina de precisión que permite hacer medicina personalizada basada en hechos, no en observaciones. Se buscan marcadores moleculares de diagnóstico, pronóstico y tratamiento. Si tuviéramos marcadores moleculares inequívocos para hacer diagnósticos correctos, para hacer un pronostico de qué es lo que va a pasar y saber qué terapia hay que darle a alguien, tendríamos solucionada la medicina personalizada e individualizada. Ahora tenemos las herramientas para buscar esos marcadores y hay que relacionarlos con sus fenotipos.

¿Por qué cuando se da un tratamiento de cáncer responde un 30% sí y un 30% no? Pues no lo sabemos, pero lo sabremos. Porque si uno va secuenciando a la gente que no responde, se verán los marcadores de la respuesta. El problema es que ahora mismo falta acumular esa cantidad de conocimiento, ahora tenemos la punta de la punta del iceberg y eso funciona. Sobre todo en cáncer, donde se ha ganado un 30% de supervivencia en 15 años, simplemente porque hay marcadores moleculares, y eso que son muy burdos. Esto es insignificante comparado con lo que podremos hacer cuando podamos secuenciar a los que no responden, ver por qué no responden, probar otras terapias, y se irá acotando la información. En los próximos 10 años vamos a ver una personalización de la medicina en áreas muy activas como el cáncer y todo esto tiene que ver con saber manejar estos datos, y ahí hay bioinformática.

 La medicina siempre ha sido personalizada. Lo que es cierto es que vamos hacia la medicina de precisión que permite hacer medicina personalizada basada en hechos, no en observaciones.

 Ahora todo esto lo identificamos con el caso de Angelina Jolie, pero ¿hasta dónde llegará el poder predictivo de la medicina de precisión?

Ahora conocemos marcadores inequívocos y con ellos uno sabe lo que va a pasar, con una determinada probabilidad. Pero tendremos más información y llegaremos a la conclusión de que, quizás, Angelina Jolie no tendría que haberse hecho esa mastectomía. Te operas porque es un mal menor, igual que en los cánceres de próstata. Si te dicen que tienes el PSA alto… ¿directamente prostalectomia? Ahora mismo, yo no asumo el riesgo, yo me hago la operación. Pero si me dicen: “eres del 10% que no lo desarrolla”. Pues entonces no me opero, pero garantízamelo. Y eso sólo te lo garantiza un marcador.

Ahora mismo falta acumular gran cantidad de conocimiento, tenemos la punta de la punta del iceberg y eso funciona. Sobre todo en cáncer, donde se ha ganado un 30% de supervivencia en 15 años, simplemente porque hay marcadores moleculares

 ¿Parece que estemos hablando de una bola de cristal?

Esto será una bola de cristal…. Hay varias enfermedades que si tienes la mutación la vas a padecer, sí o sí. En otras hay factores ambientales y probabilísticos. Pero si tienes un defecto, que en el 100% de los casos acaba desarrollando una enfermedad, la tendrás. Lo sabemos estadísticamente porque no hay ningún caso que no lo haya desarrollado. El día que haya un caso tendremos un buen marcador o incluso una cura.

 ¿Entraña algún riesgo ético este nivel de predicción?

Ahora mismo aún estamos en un nivel en el que la información no es fácil de interpretar y es imprescindible que haya un médico genetista. Cuando nos hicimos aquí los primeros genomas nos quedamos asustados, porque todos teníamos de todo, pero son predisposiciones. Con el tiempo y con educación será bueno disponer de esta información. La información es buena. Y será positivo para la medicina preventiva y para el sistema sanitario, porque si se ve que la gente tiene ciertas predisposiciones que con un cambio de hábitos, ni siquiera con medicación, se puede actuar sobre ellas y hacer que no ocurra la enfermedad, todo esto será bueno para el sistema sanitario y para la gente.

 En algún momento nos harán el genoma al nacer como pasa con el grupo sanguíneo. Yo calculo que en 10 años será accesible. El sistema sanitario tendrá una base de datos de genomas y se podrá ver qué es lo que pasa en las poblaciones y tomar decisiones sobre políticas de prevención.

 ¿Después de varios años complicados, tras de el ERE de 2011, los cambios en la dirección, los recortes en la ciencia, en qué momento se encuentra el CIPF?

Llevamos dos años de bastante estabilidad y eso se agradece. Estamos razonablemente bien para cómo están las cosas, pero no me parece bien como están las cosas. Me parece un error gravísimo lo que se está haciendo con la investigación en este país, porque nos estamos poniendo la soga al cuello. Después de bastante tiempo de política sostenida, parecía que en este país, que éramos los de la cola en todo, estábamos empezando a tener un buen nivel. Nos ha faltado el salto a la aplicación. Aquí se investiga de forma decente, si nos comparamos con el entorno; y si nos comparamos presupuestariamente, la verdad es que le sacamos bastante punta. Pero llega poco a la aplicación y no es porque las cosas sean poco aplicables. Por alguna razón no existe el mecanismo que hace que esto llegue a la producción, a la fabricación, al sistema sanitario… cualquier cosa que vaya más allá de quedarse en una publicación. La publicación en este país está al nivel de los grandes, pero el nivel de patentes está muy por debajo y eso es llamativo.

Me parece un error gravísimo lo que se está haciendo con la investigación en este país, porque nos estamos poniendo la soga al cuello.

 ¿Por qué ocurre esto? ¿Qué es lo que falla en la cadena?

Tiene que ver con la forma en que se financia la investigación. A la mayoría de los laboratorios les es más rentable pedir otro proyecto para parir otra idea que trabajar en una idea hasta que sea práctica y genere beneficios o impacto social. Tenemos que meternos en nuestro genoma de investigador que si la idea tiene una cierta aplicación, hay que perseguirla hasta que se aplica y hay que ir a dar la lata y a vender tu proyecto.

 ¿Qué importancia le otorga a la comunicación en todo este panorama?

Mucha. Un periodista especializado o un investigador con ganas de comunicar ayudaría a que esto fluyera. Pero creo que el modelo de científico en la torre de marfil sigue abundando. El 95% de la gente de mi edad no tiene Twitter; y si lo tienen, no lo usan, ni quieren tener web y eso es un error. Lo aprendí en EEUU. Tuve un jefe que le decía a un ruso muy tímido: “lo que haces tú es muy bueno y hay 50 personas que hacen cosas parecidas. ¿Me puedes explicar por qué si no te conozco, si no te veo, me debería decantar por ti?”. Yo hago mucha difusión, publico, hacemos cursos por todo el mundo donde aplicamos nuestros programas. Aquí nada juega a nuestro favor para la difusión y para la comunicación, más bien en contra. Si estás en Harvard, Oxford o en el MIT, ya tienes la mitad. Si sólo estás en Valencia, no.

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